L'organo della chiesa di S. Chiara è uno dei pochissimi strumenti antichi dell'Amerino ad essere datato e firmato dall'artefice.

Esso fu costruito nel 1756 dall'organaro tedesco Johannes Conradus Werler (o W ö rle) che, trasferitosi a Roma era detto, e spesso si firmava lui stesso, Verlè.

In una targa ad inchiostro incollata sull'anta destra della segreta troviamo scritto: JOHANNES CONRADUS WER/LE GERMANUS FECIT ROMAE/ A.D. 1756.

L'organaro tedesco è uno dei nomi di spicco del panorama romano della seconda metà del Settecento: suoi strumenti figurano in importanti chiese della capitale quali, ad esempio, la chiesa degli Agostiniani di Gesù e Maria al Corso, S.Maria Maddalena in Campo Marzio, S.Eustachio e la presenza di uno dei suoi strumenti nel novero degli organi dell'amerino è di grandissima rilevanza.

L'organo è stato restaurato nel 2005 da Marco Laurenti.

Lo strumento si trova su una cantoria posta sulla porta d'ingresso e presenta il prospetto in un'unica campata di canne tutte ornate da uno scudo rovesciato sopra il labbro superiore che rappresenta un tipico “marchio di fabbrica” di questo costruttore. Da notare anche l'altro tratto caratteristico di Werle consistente nella presenza di un registro di Flauto di otto piedi con canne di castagno.

La tastiera è di 45 tasti (Do1 – Do5) in bosso ed ebano e la pedaliera è di 9 tasti che fuoriescono dal basamento della cassa.

Disposizione fonica
(desumibile da cartellini ad inchiostro che paiono originali; sopra i pomelli dei registri è presente anche una succinta regola per combinarli )

Principale 8' - Flauto 8' - Ottava - 5a decima - 10a nona - Vigesima 2a - Vigesima 7° [sic!] - Vigesima 9a in registri - Tiratutti